Theoretisch ist das möglich. Nur was soll der Bot bei einer Änderung wie von 3.7 auf 5.0 machen, wo sich die ganzen Konfigdateien verändern? Bei den Updates wo nur die JTS3ServerMod.jar ausgetauscht werden muss, wäre das relativ leicht realisierbar. Zweite JAR Datei erstellen, die von dem Bot ausgeführt wird, der Bot beendet sich, die zweite JAR ersetzt die JTS3ServerMod.jar und startet den Bot wieder.
Theoretisch wäre auch noch ein JTS3ServerMod.jar -updateconfig vorstellbar, bevor der Bot gestartet wird, aber genau dabei werden ggf. Einstellungen gelöscht, die nicht mehr kompatibel sind. Von Hand könnte man es einfach anpassen.
Problematisch wird das ggf. unter Windows, wo sich Java seit Version 7 nicht mehr einfach mit java auf der Kommandozeile starten lässt. Gibt zu viele Variablen, die ich bei den verschiedenen Betriebssystemen beachten muss. Da gehe ich lieber davon aus, das ein Anwender es schafft eine Datei zu ersetzen.