Da gibt es keinen fertigen Befehl in der API, aber das kannst du mit der doCommand(String command) Methode von der Klasse JTS3ServerQuery (ist in der Plugin API vom JTS3ServerMod enthalten) realisieren.
Der TS3 Befehl wäre dafür, hier ein Beispiel:
channeledit cid=15 channel_description=My\sDescription
Die Channel Description einfach mit der Methode encodeTS3String(String str) von der Klasse JTS3ServerQuery vorher encodieren (der ersetzt dann die Leerzeichen mit \s und so weiter).