Das hängt davon ab, welche Version du aktuell vom Web Interface installiert hast. Ist die bereits identisch mit jener in der Changelog?
Aktuell ist: JTS3ServerMod Version 5.3 RC 3 vom (20.10.2014) - Web Interface 2.1 RC 2 (17.10.2014)
Hast du also die RC 2 Version vom 17.10.2014 installiert, gab es am Web Interface keine weiteren Änderungen.
Deshalb immer auf die Versionnummer in der Changelog achten. Bei der RC 2 hat sich zum Beispiel nichts am Bot, nur am Web Interface geändert. Bei der RC 3 nur am Bot und nichts am Web Interface.
Wenn sich nur die Versionnummer vom Bot ändert, brauchst du nur die JTS3ServerMod.jar austauschen und ggf. mal gucken ob sich in der JTS3ServerMod_InstanceManager.cfg irgendwas geändert hat.